การรักษาด้านการแพทย์แผนไทยประยุกต์ จะรวบรวมและประมวลข้อมูลตามแนวคิดและทฤษฎีการแพทย์แผนไทยว่าด้วยเรื่องธาตุ ร่างกายมนุษย์ประกอบขึ้นจากกองธาตุทั้ง 4 ได้แก่ ธาตุดิน ธาตุน้ำ ธาตุลมและธาตุไฟ หากเกิดความไม่สมดุลของธาตุที่เป็นองค์ประกอบขึ้นเมื่อใด ก็จะเกิดโรคหรือความเจ็บป่วยขึ้น แพทย์แผนไทยประยุกต์ให้การวินิจฉัยโรคแล้ว จะวางแผนการบำบัดรักษาด้วยศาสตร์การแพทย์แผนไทยให้ผู้ป่วย ซึ่งประกอบด้วยวิธีการดังนี้

• การใช้ยาสมุนไพร อาจเป็นการปรุงยาสำหรับผู้ป่วยแต่ละราย
• การใช้หัตถการ/วิถีทางการแพทย์แผนไทย 
• การให้คำแนะนำที่เกี่ยวข้องกับการเจ็บป่วยและการส่งสริมสุขภาพ